Ruoka
EU on asettanut lukuisa normeja ruoantuotannolle ja ruoan puhtaudelle. Samoin geenimuunneltujen tuotteiden käyttö on säädelty. EU on pyrkinyt kannustamaan eurooppalaisia syömään terveellisempää ruokaa mm. kieltämällä rasvaisen ja sokeria täynnä olevan ruoan mainostamisen terveellisenä.
Ruoantuotanto ja eläinten hyvinvointi
Eläinten tehotuotanto on lisääntynyt EU:n maatalouspolitiikan seurauksena. Eläimiä kasvatetaan entistä suuremmissa tuotantoyksiköissä ja teuraseläinten kuljetukset ovat pidentyneet. Kuitenkin positiivistakin kehitystä on tapahtunut. EU kieltää häkkikanalat vuoteen 2012 mennessä. Vuodesta 2003 asti on ollut kiellettyä rakentaa uusia häkkikanaloita.
EU:ssa monet eläintuotantonormit ovat tiukempia kuin esimerkiksi Yhdysvalloissa. EU:ssa ei saa syöttää eläimille jatkuvasti antibiootteja eikä EU:ssa saa myydä kloorikylvyssä uitettuja broilereita. Nämä rajoitteet ovat aiheuttaneet kitkaa Yhdysvaltojen ja EU:n välillä. Suomessa siipikarjan puhdistaminen kemikaaleilla oli sallittua ennen EU-jäsenyyttä 1995. EU-maiden on myös mahdollista maksaa tuottajille vapaaehtoista eläinten hyvinvointitukea; Suomessa eläinten hyvinvointituki on ollut käytössä vuodesta 2008. EU valvoo myös luonnonmukaista viljelyä ja on asettanut sille tarkat säädökset.
Parlamentti on vaatinut keväällä 2010 uuselintarvikkeita koskevassa lainsäädäntötyössä kieltoa kloonattujen eläinten käyttämiselle ruoantuotannossa. Kloonatut eläimet kärsivät suhteettoman laajasti sairauksista, epämuodostumista ja ennenaikaisista kuolemista. Parlamentti on lykännyt myös nanohiukkasia sisältävien ja nanotekniikalla tuotettujen elintarvikkeiden käyttöä, kunnes niistä on tehty nykyistä paremmat riskiarvioinnit.
Geenimuunneltu ruoka
Geenimuunneltu ruoka eli GMO-ruoka on aiheuttanut paljon keskustelua EU:ssa, sillä EU ohjaa jäsenmaidensa maatalouspolitiikkaa. Se, mitä EU päättää GMO-ruoasta, vaikuttaa vahvasti koko maailman ruoantuotantoon.
Joulukuussa 2008 EU:n ympäristöministerit päättivät, että GMO-tuotteiden hyväksymisestä vastaavan Euroopan ruokaturvallisuusviraston EFSA:n on otettava arvioinneissaan huomioon GMO-tuotteiden vaikutukset ympäristölle ja terveydelle myös pitkällä tähtäimellä. Erityistä huomiota tulee kiinnittää torjunta-aineille vastuskykyisiin gm-kasveihin. Tuholaismyrkkyjä tuottaviin gm-kasveihin on sovellettava kemiallisten kasvinsuojeluaineiden hyväksyntämenettelyä.
EU hyväksyy jokaisen EU:n markkinoille tulevan GMO-lajikkeen ja valvoo GMO-ainesten leviämistä. Monet kansalaisjärjestöt ovat vaatineet komissiolta nykyistä tiukempaa lupapolitiikkaa ja kansalaisille parempaa tietoa siitä, missä kaikissa ruoissa on muuntogeenisiä osia. Esimerkiksi eläinperäisissä elintarvikkeissa ei tarvitse olla merkintää, jos tuotantoeläimet on ruokittu geenimuunnellulla rehulla.